前身は海賊組織。総長の蛇押院空也は、もともと死魔根の海王学園番長でしたが、 執行部と対立し、自分が正しいと思える正義を行う為に学園を離れました。
その後身寄りが無かったり問題を起こして学園に居られなくなった人間が、 蛇王院空也の元に集まり、主に海を舞台に海賊活動を始めました。
その後、ホーリーフレイムという脅威に対抗すべく結成された連合組織（通称キュウシュウ学園連合）がスカルサーペントに合流し、組織は次第に大きくなっていきます。